Actualmente se habla que quetognatos, equinodermos, hemicordados y cordados tienen un origen evolutivo común, por lo tanto se agrupa a estos cuatro filos en el superphylum Deuterostomia. Esto se basa en las similitudes entre la larvas de estrellas de mar (bipinnaria) y las larvas de hemicordados (tornaria), además de la semejanza en la formación del mesodermo y celoma en estos cuatro filos.2 Los Deuterostomos se caracterizan por el desarrollo de la abertura bucal, que no deriva del blastoporo, sino que se forma por neoformación.
Los ancestros más primitivos de los peces aparecieron a principios de Cámbrico, tenían un cuerpo cilíndrico, con un sencillo sistema digestivo y con un cordón nervioso en posición dorsal sustentado por la notocorda. Todos los animales que evolucionaron a partir de estos, reciben el nombre de cordados.
Más tarde se desarrollan nuevas características, como la aparición de la cola y la agrupación de nervios en la parte frontal del cuerpo y la vesícula cerebral. Estas características identificaban a cefalocordados y vertebrados. Uno de los primeros géneros de cefalocordado de los que se tiene constancia es Pikaia, que vivió en Norteamérica hace 570 millones de años.
Entre finales del Cámbrico y el Ordovícico se han identificado los fósiles más primitivos con verdaderas características de peces: la aparición de vértebras y la separación del cráneo (las características más primitivas de los vertebrados).
El vertebrado más antiguo que se conoce es Myllokunmingia, con una antigüedad de 525 millones de años.3 Muy similar a los mixinos actuales.
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